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Respect {CXX,LD}FLAGS
http://bugs.gentoo.org/332009
--- amap-align/align/Makefile
+++ amap-align/align/Makefile
@@ -15,6 +15,8 @@
# c) RELEASE mode
################################################################################
+OPT_CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -funroll-loops
+
OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=1 -DVERSION='"AMAP.2.2"'
# debug mode
@@ -26,8 +28,7 @@
# release mode
#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer
-CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
-
+CXXFLAGS = $(OPT_CXXFLAGS) -DNDEBUG $(OTHERFLAGS)
################################################################################
# 3) Dependencies
################################################################################
@@ -38,7 +37,7 @@
all : $(TARGETS)
amap : MultiSequenceDag.h MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Amap.cc
- $(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o amap Amap.cc
+ $(CXX) $(LDFLAGS) $(CXXFLAGS) -o amap Amap.cc -lm
.PHONY : clean
clean:
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