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diff --git a/sci-biology/phrap/files/phrap-1.080812-fix-build-system.patch b/sci-biology/phrap/files/phrap-1.080812-fix-build-system.patch
deleted file mode 100644
index 6d30c2ce326a..000000000000
--- a/sci-biology/phrap/files/phrap-1.080812-fix-build-system.patch
+++ /dev/null
@@ -1,100 +0,0 @@
-* Fix perl shebang to be portable
-* Make build system honour LDFLAGS
-
---- a/makefile
-+++ b/makefile
-@@ -25,9 +25,8 @@
- # Makefile for swat, phrap, cross_match, phrapview; also swprobs (currently inactivated)
- #CC= icc
- #CFLAGS= -O2 -wd266,880
--CC= cc
--CFLAGS= -O2
--LFLAGS= -lm
-+CC ?= cc
-+LIBS = -lm
- 
- SWATOBJS= swat.o weibull.o
- 
-@@ -96,46 +95,46 @@
- 	chmod a+x phrapview
- 
- swat: makefile $(SWATOBJS) $(SWOBJS)
--	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(SWATOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
-+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(SWATOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
- 	chmod o-r swat
- 
- alpha_swat: makefile $(ALPHOBJS) $(SWOBJS) 
--	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(ALPHOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS) 
-+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(ALPHOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS) 
- 	chmod o-r alpha_swat
- 
- swat_counts: makefile $(COUNOBJS) $(SWOBJS) 
--	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(COUNOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS) 
-+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(COUNOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS) 
- 	chmod o-r swat_counts
- 
- swprobs: makefile $(PROBOBJS)
--	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(PROBOBJS) $(LFLAGS)
-+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(PROBOBJS) $(LIBS)
- 
- phrap: makefile phrap.o call_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS)
--	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ phrap.o call_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
-+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ phrap.o call_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
- 	chmod o-r phrap
- 
- gcphrap: makefile gcphrap.o gccall_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS)
--	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ gcphrap.o gccall_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LFLAGS)
-+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ gcphrap.o gccall_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LIBS)
- 	chmod o-r gcphrap
- 
- cross_match: makefile cross_match.o call_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS)
--	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ cross_match.o call_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
-+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ cross_match.o call_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
- 	chmod o-r cross_match
- 
- gccross_match: makefile gccross_match.o gccall_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS)
--	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ gccross_match.o gccall_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LFLAGS)
-+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ gccross_match.o gccall_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LIBS)
- 	chmod o-r gccross_match
- 
- cluster: makefile $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS)
--	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
-+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
- 	chmod o-r cluster
- 
- loco: makefile $(LOCOOBJS) $(SWOBJS)
--	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(LOCOOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
-+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(LOCOOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
- 	chmod o-r loco
- 
- erf_test: $(ERFOBJS)
--	$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(ERFOBJS) $(LFLAGS)
-+	$(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(ERFOBJS) $(LIBS)
- 
- loco.o: swat.h
- 
-@@ -228,7 +227,7 @@
- anomalies.o: swat.h 
- 
- fast_smith_wat.s: fast_smith_wat.c
--	cc -S -machine_code -source_listing -O3 fast_smith_wat.c
-+	$(CC) $(CFLAGS) -S -machine_code -source_listing fast_smith_wat.c
- #N.B. fast_smith_wat.s MUST BE EDITTED BEFORE USE!!!
- 
- tig_node.o: swat.h
---- a/phrapview
-+++ b/phrapview
-@@ -1,4 +1,4 @@
--#!/usr/local/bin/perl -w
-+#!/usr/bin/env perl
- 
- 
- #/*****************************************************************************
-@@ -25,6 +25,7 @@
- #                                                                         
- #*****************************************************************************/
- 
-+use warnings;
- use strict;
- use Tk;
- #phrapview version 0.960731